Le Mas d’Azil est connu par le rôle prépondérant qu’il joua au cours des Guerres de Religions.

Le grand mouvement de la Réforme commencé en 1517 par l’affichage des thèses de Luther (mais amorcé bien avant, notamment par la prédication des Vaudois), touche rapidement le Midi de la France. Dans le sud ouest, la propagation de la foi réformée est facilitée par l’appui de Marguerite de Navarre et surtout de Jeanne d’Albret, mère d’Henri IV, reine de Navarre, souveraine de Béarn , comtesse de Foix, amie de Calvin et fervente protestante.

La population du Mas d’Azil, noblesse en tête, adhère rapidement au christianisme réformé (vers 1540). Suite à l’échec du premier siège de la ville en 1568 par Bellegarde, Sénéchal de Toulouse, le zèle protestant dans le village, ne tolère plus la présence des moines bénédictins.

L’abbaye, fondée au IXème siècle est saccagée et les moines expulsés (ils reviendront quelques années plus tard), au point qu’en 1569, le culte catholique est provisoirement interdit.

Le Mas d’Azil devient un important centre de la Réforme dans le Midi de la France et l’une de ses principales places fortes. Mais l’Edit de Nantes de 1598 réduisit l’expansion du protestantisme dans le comté de Foix. Par la suite, les réformés subiront, comme on le sait, une sévère répression des rois de France.